La rotation des cultures est un moyen préventif qui limite le développement des mauvaises herbes. Pour intervenir sur leurs cultures, les agriculteurs bio utilisent les outils de désherbage mécanique qui permettent :
On a le choix entre plusieurs outils de désherbage mécanique : la bineuse, la herse-étrille, la houe rotative. Il existe aussi des outils de désherbage thermique : les brûleurs.
Le désherbage manuel reste une technique très efficace. Pour des petites surfaces de culture, comme le jardin potager, le paillage est très adapté.
Dans tous les cas :